ชนพื้นเมืองโจมงมีวิถีชีวิตและวัฒนธรรมที่เป็นเอกลักษณ์ของตนเองในญี่ปุ่นเป็นเวลาหลายพันปีก่อนที่จะมีการทำนาในช่วงยุคยาโยอิที่ตามมา การวิเคราะห์ของเราพบว่าพวกเขาเป็นประชากรที่มีความแตกต่างทางพันธุกรรมและมีความเกี่ยวข้องสูงผิดปกติระหว่างกลุ่มตัวอย่างทั้งหมด Niall Cooke นักวิจัยระดับปริญญาเอกของ Trinity อธิบาย ผลลัพธ์เหล่านี้ชี้ให้เห็นอย่างชัดเจนถึงระยะเวลาที่ยาวนานในการแยกตัวออกจากส่วนที่เหลือของทวีป การแพร่กระจายของการเกษตรมักถูกทำเครื่องหมายด้วยการแทนที่ของประชากร ดังที่มีการบันทึกไว้ในการเปลี่ยนแปลงยุคหินใหม่ทั่วยุโรปส่วนใหญ่ ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น โดยมีส่วนร่วมเพียงเล็กน้อยจากประชากรนักล่าสัตว์ที่สังเกตพบในหลายภูมิภาค อย่างไรก็ตาม นักวิจัยพบหลักฐานทางพันธุกรรมว่าการเปลี่ยนแปลงทางการเกษตรในยุคก่อนประวัติศาสตร์ของญี่ปุ่นเกี่ยวข้องกับกระบวนการดูดซึมมากกว่าการทดแทน โดยมีส่วนร่วมทางพันธุกรรมเกือบเท่าๆ กันจาก Jomon พื้นเมืองและผู้อพยพใหม่ที่เกี่ยวข้องกับการทำนาแบบเปียก