พัฒนาชายฝั่งเป็นอันตรายต่อม้าน้ำ แต่ภัยคุกคามหลักคือการประมงมากเกินไป ชาวประมงเชิงพาณิชย์ตักม้าน้ำหลายล้านตัวต่อปีเป็นสัตว์พลอยได้ นอกจากนี้ยังมีการกำหนดเป้าหมายการจับม้าน้ำเพื่อให้นักท่องเที่ยวต้องการเครื่องประดับแห้งและตลาดยาแผนโบราณที่ไม่ได้รับการควบคุมในเอเชีย ข้อมูลประชากรของม้าน้ำหลายสายพันธุ์นั้นกระจัดกระจาย แต่นักวิทยาศาสตร์เชื่อว่าม้าน้ำส่วนใหญ่ถูกคุกคาม ม้าน้ำ และประชากรบางส่วนก็ลดลงอย่างรวดเร็ว ภาวะทะเลที่อุ่นขึ้นเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศจะส่งผลต่อม้าน้ำในระยะยาวอย่างไรนั้นไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด ช่วยชีวิตม้าน้ำ การปกป้องม้าน้ำจะต้องปกป้องแหล่งที่อยู่อาศัยในน้ำตื้นจากมลภาวะและการพัฒนาเชิงทำลาย การบังคับใช้กฎหมายการประมงเชิงพาณิชย์ที่มุ่งเป้าไปที่ปัญหาปัญหาสัตว์น้ำพลอยได้ และลดความต้องการสัตว์เหล่านี้เป็นเครื่องประดับเล็กๆ น้อยๆ และคาดว่าเป็นอาหารเสริม