คำว่าน้ำยาฆ่าเชื้อหมายถึงสารที่ใช้กับเนื้อเยื่อที่มีชีวิตของมนุษย์ สัตว์อื่น และพืชเพื่อทำลาย (ฆ่าเชื้อแบคทีเรีย) หรือยับยั้งการเจริญเติบโต (แบคทีเรีย) ของจุลินทรีย์ที่ติดเชื้อ น้ำยาฆ่าเชื้อใช้ในทางการแพทย์เพื่อป้องกันหรือต่อสู้กับการติดเชื้อแบคทีเรียของเนื้อเยื่อผิวเผิน และเพื่อฆ่าเชื้อเครื่องมือและวัสดุที่ติดเชื้อ ต้องมีการแยกความแตกต่างระหว่างน้ำยาฆ่าเชื้อและสารเคมีบำบัด เช่น ยาปฏิชีวนะและซัลโฟนาไมด์ ซึ่งใช้ทางปากหรือฉีดเพื่อรักษาการติดเชื้อภายในหรือการติดเชื้อทั่วไป แต่อาจใช้เฉพาะที่ในการรักษาหรือป้องกันการติดเชื้อที่ผิวเผิน (ดูยาปฏิชีวนะ.)สารประกอบทางเคมีหลายชนิดสามารถฆ่าแบคทีเรียได้ แต่หลายชนิดยังแสดงคุณสมบัติที่จำกัดหรือห้ามใช้ น้ำยาฆ่าเชื้อส่วนใหญ่เป็นพิษของโปรโตพลาสซึมทั่วไป สุขอนามัย และหากใช้ในความเข้มข้นที่เพียงพอจะเป็นอันตรายต่อเซลล์และเนื้อเยื่อของร่างกายรวมถึงแบคทีเรียด้วย ดังนั้น น้ำยาฆ่าเชื้อจึงมีค่ามากที่สุดในการฆ่าเชื้อบาดแผลหรือพื้นผิวที่ปนเปื้อน เมื่อมีช่วงห่างกว้างระหว่างความเข้มข้นของสารฆ่าเชื้อแบคทีเรียและสารพิษ เมื่อต้องใช้น้ำยาฆ่าเชื้อเพื่อฆ่าเชื้อเครื่องมือที่ปนเปื้อนหรือวัตถุที่ไม่มีชีวิตอื่นๆ อย่างไรก็ตาม คุณสมบัติที่เป็นพิษนั้นไม่สำคัญ และอาจใช้สารประกอบหลายชนิด (เรียกว่าสารฆ่าเชื้อ) ซึ่งไม่สามารถใช้กับเนื้อเยื่อที่มีชีวิตได้ คำว่า น้ำยาฆ่าเชื้อ จึงหมายถึงสารที่ใช้ทำลายจุลินทรีย์บนพื้นผิวที่ไม่มีชีวิต เช่น เครื่องมือผ่าตัด พื้น และผนัง น้ำยาฆ่าเชื้อ ยาฆ่าเชื้อ และยาปฏิชีวนะล้วนเป็นสารฆ่าเชื้อโรค กล่าวคือเป็นสารทั้งหมดที่ฆ่าเชื้อจุลินทรีย์