ปัจจุบัน เมืองหลักหลายแห่งในโลกมีพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำสาธารณะและพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำในเชิงพาณิชย์ อีกหมวดหนึ่งครอบคลุมพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำที่ทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัยเป็นหลัก ในบรรดาผู้ที่รู้จักกันเป็นอย่างดี ได้แก่ ที่เนเปิลส์ ; พิพิธภัณฑ์สมุทรศาสตร์แห่งโมนาโก พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ ; Plymouth Marine Laboratory, อังกฤษ; และสถาบันสมุทรศาสตร์สคริปส์ เมืองลาจอลลา รัฐแคลิฟอร์เนีย ยังมีอีกประเภทหนึ่งซึ่งรวมถึงพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำชั่วคราวที่ทำหน้าที่เป็นนิทรรศการในงานแสดงสินค้าและนิทรรศการระดับโลก